劳动争议补发的两年的工资在一个年度纳税，多交的税如何起诉法院？

多缴的个人所得税可通过申请退税或提起行政诉讼的方式主张权利。

如果补发工资集中在一年发放，导致适用税率上升、税负增加，劳动者有权申请退税；

若税务机关拒绝退税或处理不当，可依法向法院提起行政诉讼；

若用人单位未依法代扣代缴，劳动者可要求用人单位承担相应责任。
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根据《中华人民共和国个人所得税法》第十一条规定，居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税，由扣缴义务人按月预扣预缴。若补发工资一次性计入某一年度，可能造成税负畸重，不符合税法公平原则。

根据《税收征收管理法》第八十八条规定，纳税人、扣缴义务人对税务机关确定的税额、税率等决定不服的，可以依法申请行政复议；对复议决定不服的，可依法向人民法院起诉。

因此，若因集中发放工资导致多缴税款，劳动者可先向税务机关申请退税或行政复议，若未获支持，可进一步向法院提起行政诉讼，要求纠正税款计算或退还多缴税款。
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1、核对税款计算：获取工资发放记录和税务申报明细，确认是否因集中发放工资导致税率跳档，造成多缴税款。

2、申请退税或行政复议：向主管税务机关提交退税申请材料，说明补发工资应按原属纳税年度分摊计算，并附工资发放证明和个税计算明细。

3、提起行政诉讼：如税务机关拒绝退税或未在法定期限内答复，可在收到决定书之日起六个月内依法向法院提起行政诉讼。

4、保留完整证据：包括工资发放通知、银行流水、完税证明、与用人单位沟通记录等，以备后续维权使用。

选择具体方案时，应结合税务机关的处理态度、证据完整性及时效性综合判断。建议在专业律师协助下进行操作，以提高胜诉率。如需进一步法律支持，可联系专业律师进行详细咨询。